透射电镜主要用于观察生物样品内部精细的结构，用于透射电镜观察的生物样品往往需制备成超薄切片，病毒、细菌等需用滴液法，或在滴液法基础上发展出来的其他类似方法如直接贴印法、喷雾法等主要被用于观察病毒粒子细菌的形态及生物大分子等。
扫描电镜主要用于观察物品的表面结构。样品制备简单，可观察较大、较厚的样品，观察试样为不同大小的固体（块状、薄膜、颗粒、粉末），并可在真空中直接进行观察。样品的尺寸可大至120mm×80mm×50mm。
扫描电镜
SEM 制样对样品的厚度没有特殊要求，可以采用切、磨、抛光或解理等方法将特定剖面呈现出来，从而转化为可以观察的表面。这样的表面如果直接观察，看到的只有表面加工损伤，一般要利用不同的化学溶液进行择优腐蚀，才能产生有利于观察的衬度。不过腐蚀会使样品失去原结构的部分真实情况，同时引入部分人为的干扰，对样品中厚度极小的薄层来说，造成的误差更大。
透射电镜
由于TEM 得到的显微图像的质量强烈依赖于样品的厚度，因此样品观测部位要非常的薄，例如存储器器件的TEM 样品一般只能有10～100nm 的厚度，这给TEM 制样带来很大的难度。初学者在制样过程中用手工或者机械控制磨制的成品率不高，一旦过度削磨则使该样品报废。TEM 制样的另一个问题是观测点的定位，一般的制样只能获得10mm 量级的薄的观测范围，这在需要精确定位分析的时候，目标往往落在观测范围之外。目前比较理想的解决方法是通过聚焦离子束刻蚀（FIB ）来进行精细加工。
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