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冻干机控制系统应具有冻干曲线设定、除菌灭菌、在线清洗、真空控制，干燥状态检测，故障报警器维修检查等功能。一个研发冻干机或者生产型冻干机或者中试型冻干机的控制系统要能进行全自动的冻干控制，包括预冻、加热、抽真空、压塞、放气、除菌灭菌等。在触摸屏上可以显示温度，压力，时间，周期状态等，也可以显示报警信息。控制系统应可预先设置冻干曲线，当进行全自动操作时，控制着系统需要将预先设置好的冻干曲线送入可编程控制器plc，只需要按下执行即可自动执行.冻干机软件可记录各种运行设备的累计运行时间、历史记录、随机和定时数据报表曲线等.同时自动记录多项故障和事件发生，多点记录仪可显示制品温度，干燥箱体真空泵的真空度等，同时对冷阱的温度进行报警监视，对于中间任何阶段可以随时进行人工干预（有权限的）.

冻干过程中各阶段要求对影响冻干质量的各种物理参数，如干燥箱内部的真空度、制品温度、板层温度、清洗、灭菌、压力、设备运行时间等进行完整的记录.。冻干机控制系统着重强调冻干工艺的准确完成和电子记录的完整性即可追溯性.主要包含1、密码保护.2、电子记录可追溯性3、电子记录完整性。4电子记录文件格式应是不可更改.

冻干控制系统显示界面主要包含1.系统内所有部件的运行状况；2.执行操作信息及报警；3.记录冻干周期的参数；4.处理和存储操作数据；5.提供冻干过程报告；。6排除可能发生的误操作；7防止未被的人员进入操作系统。

冻干机的操作系统的功能应得到zui大程度的利用，可以自动化的减少人为操作，为批量生产和放大生产打下基础。但是冻干机应带半自动操作，也就是前期工艺摸索的过程是采用半自动操作的，等工艺摸索出来可以采用全自动模式运行。