飞纳电子显微镜具有高分辨率和高清晰度品质，可通过CCD摄影系统将物件图像传送到监视器、电视或电脑，广泛适用于电子设备、半导体、LCD、LED等领域的数码成像观察、检测和测量 。使用各种不同的照明系统，可以满足观察不同物体的需求。
1、镜头清洁：
由于物镜镜头是朝上的，很容易附着灰尘，因此保持镜头清洁尤为重要。镜头表面必须保持清洁，如果镜头表面有灰尘，可使用吸耳球吹除，也可用软毛刷轻轻的拂掉。切不可用棉团、干 布或干的镜头纸擦试镜头表面，否则会使镜头表面被刮伤，镜头受损。也不可用水擦试镜头，残留的水渍会滋生霉菌而损坏显微镜。如果镜头表面沾有指纹或油污时，用脱脂棉蘸少许混合液轻轻擦拭即可清除。
2、机身部件清洁：
用软布蘸少量中性洗涤剂轻擦机身及镜头以外的部件即可；千万不可用有机溶液清洗剂擦抹部件表面，尤其是对塑料零件，更不能使用有机溶液清洗剂清洁。
3、调焦：为避免划伤物镜，调焦时千万注意不要使物镜碰到试样。
4、亮度调节：在调整亮度时，切忌忽明忽暗，更不要过亮，有助于保护视力，同时也避免影响灯泡的正常使用寿命。
5、切换：当载物台垫片圆孔中心的位置偏离物镜中心位置时，不要切换物镜，以免物镜被划伤。功能切换时，动作一定要轻，要切换到位。
6、工作间歇：飞纳电子显微镜工作间歇，为防止灰尘进入镜筒或透镜表面，目镜可留在镜筒上，并盖上防尘盖，或用防尘罩将仪器罩住也可。
7、设备移动：显微镜尽可能不要移动。如需移动，应轻拿轻放，避免碰撞。禁止随意拆卸仪器，尤其是中间光学系统或重要的机械部件，以避免因不当拆卸而降低仪器的使用性能。
8、关机：使用完毕，旋转转换器，使物镜镜片置于载物台下侧，防止灰尘的沉降。