多功能酶标仪指拥有多种检测模式的单体台式酶标仪。通常某些多用途型酶标仪支持标准1cm立式比色皿插槽，不仅仅微孔板可进行吸光度（Abs)、荧光强度(FI)、时间分辨荧光（TRF)、荧光偏振（FP)、和化学发光（Lum)检测，甚至1cm立式比色皿也可进行除吸光度检测外的荧光强度和化学发光检测。
多功能酶标仪基于滤光方式的不同分类：
酶标仪基于滤光方式的不同可分为滤光片式的酶标仪和光栅式酶标仪。滤光片式酶标仪采用滤光片来进行波长的选择，酶标仪内置滤光片轮，可选择试验所需的不同波长的滤光片来进行分光，光源发出的全波谱光经过滤光片后，大部分被过滤，只剩下滤光片本身允许的波长通过，这样就可就通过滤光片来获得特定的波长。滤光片轮一般包含4-6块滤光片，通过选择不同的滤光片可获得不同的波长，但是获得的波长都是固定的，受到一定的限制，不能获得任意所需的波长，而且更换滤光片价格比较昂贵。一般波长固定的滤光片有405，450，490，630nm。
光栅式酶标仪虽然才出现短短十余年，但是发展非常迅猛，已经是主流的酶标仪.它采用光栅进行分光，光源发出的全波谱光线经过光栅后，通过光栅上面分布的一系列狭缝的分光，就可以获得任意波长的光，波长连续可调，一般递增量为1nm，同时具有带宽可选的功能。光栅式酶标仪使用方便灵活，可以通过软件选择任意波长的光，而且可以进行全波长的扫描,通过全波长扫描可以获得未知样品的吸收峰，从而可以达到检测未知样品的目的，在实验室中很受欢迎，可以进行更多实验的检测，因此在国内的普及程度很高。
另外根据通道的个数，可以将酶标仪分为单通道和多通道两种类型，单通道又有自动和手动两种之分。