赛默飞液质联用仪，主要应用于药物代谢及药物动力学研究、临床药理学研究、天然药物(中草药等)开发研究、新生儿筛选、蛋白与肽类的鉴定、残留分析、毒物分析、环境分析、环保、食品、自来水、卫生防疫等行业。液质联用仪的灵敏度高，通量性能好——优异的高流量性能、降低的离子抑制效应、自清洁离子源探针设计和可靠的接口设计，加速了分析速度；使用更简便。
赛默飞液质联用仪具有的检出限和定量下限，对于复杂基体和难于分析的样品，能够提供的超低浓度水平定量。这款质谱仪与具有特殊应用功能的软件相结合，保证了样品分析的大通量。其开创性的软件和硬件开发使得操作更加简单，结果更加准确可靠。为面临困难定量任务挑战的科研人员提供的灵敏度、分析速度以及动态范围。仪器结果的可靠性以及简便的操作性，使用户可以把时间精力集中在科研上，而无需担心方法的开发和实验操作。
赛默飞液质联用仪在目前的有机质谱和生物质谱仪，赛默飞液质联用仪除了GC-MS的EI和CI源，离子化方式有大气压电离(API)(包括大气压电喷雾电离ESI、大气压化学电离APCI、大气压光电离APPI)与基质辅助激光解吸电离。前者常采用四极杆或离子阱质量分析器，统称API-MS。后者常用飞行时间作为质量分析器，赛默飞液质联用所构成的仪器称为基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱仪(MALDI-TOF-MS)。API-MS的特点是可以和液相色谱、毛细管电泳等分离手段联用，扩展了应用范围，包括药物代谢、临床和法医学、环境分析、食品检验、组合化学、赛默飞液质联用有机化学的应用等；MALDI-TOF-MS的特点是对盐和添加物的耐受能力高，且测样速度快，操作简单。
赛默飞液质联用仪主要优点：
1、与高速液相色谱系统联用，LTQ XL质谱是高通量分析的工具。结合多种解离技术，包括PQD(脉冲碰撞解离)和ETD(电子转移解离)，LTQ XL提供丰富的结构信息。广泛应用于蛋白质组学、代谢物鉴定、药物研发定量分析、法医和临床分析等领域。
2、基于离子/离子化学的电子转移解离(ETD)，LTQ XL离子阱是实现此技术的仪器。ETD与CID互为补充，提高蛋白序列覆盖率；保护不稳定PTM翻译后修饰基团，简化数据分析；单次进样自动启动CID和ETD.